本課程為海洋所碩士班必修課程，旨在介紹各類海洋生物和海洋生態系, 包括: 海洋生物研究史、海洋生態環境、海洋生物及生態基本概念、海洋浮游植物及海藻、海洋初級生產、海洋無脊椎動物、浮游動物、海洋游泳動物、潮間帶生態系、河口域、深海底棲生態系、珊瑚礁、大洋生態系、海洋生物資源利用及保育、海洋污染等。